H100系気動車	改札口

• 地上駅である。1面2線、全長92mの島式ホームで、4両編成の列車に対応。駅舎側の1番のりばは小樽方面発着の頭端式ホームとなっている。
• 北海道新幹線のホーム建設に伴い、線路やホームの移設工事を実施、2021年10月31日より供用された。かつてのホームを貫く形で仮設の連絡通路（延長約40m）が設置され、バリアフリーで駅舎とホームの往来が可能となっている。
• 社員配置駅であり、管理駅として小沢 - 目名間の各駅を管理下に置いている。また長万部 - 小樽間の運行管理は当駅の輸送社員が行う。
• 駅舎にはみどりの窓口、自動券売機がある。かつては清水立売商会が立ち食いそば屋「倶知安そば」の営業とともに「焼きジャガイモ弁当」や名物「ニセコそば」などの駅弁を調製し構内売店やホーム立売りなどで販売していたが、駅弁は1990年代に販売を終了している。その後は倶知安そばとキヨスクが駅舎内に残ったが、「倶知安そば」は2010年（平成22年）3月、キヨスクは2015年（平成27年）に閉店した。一方で、2016年（平成28年）に駅構内に案内所が開設された。

番線	路線	方向	行先
1・2	■函館本線	下り	小樽・札幌方面
2		上り	蘭越・長万部方面

• 元々はホームは2面3線であったが、胆振線廃止に伴い駅舎側の単式ホーム（1番のりば）を撤去し、2・3番のりばのみの1面2線島式ホーム（全長190m、8両編成の列車に対応）となった。
• その他、構内に留置線がある。ホーム間の移動は跨線橋で行う。駅構内では夜間滞泊が行われる。

• 北海道新幹線の札幌方面延伸の際に当初は地上に線路が敷設される計画となっていたが、北海道と倶知安町は市街地の分断を避けるため、駅と周辺1.3 kmの高架化を要望し、2016年7月に決定した。そのため、駅構内の線路とホームを西側に移設するなどの工事を行う。
• 2020年9月には倶知安町が新駅舎のデザインにふさわしいキーワードやモチーフについてのアンケートを地元住民に実施し、「羊蹄山」との回答が82.7％を占めている。
• 他には「スキー、スノーボード」、「国際的な」、「ニセコ連峰」が挙げられている。なお、新駅舎のデザインは「羊蹄山を眺望できるデザイン」との回答が世代を問わず多く占めている。
• 2021年2月10日付『北海道新聞』では、倶知安町が駅舎内に情報発信や物販の拠点を設ける方針であることが報道されている。
• なお、新幹線ホームは相対式2面2線の高架駅で計画されている。

キハ201系気動車	駅舎側のホームは廃止されている

歴史

• 1904年（明治37年）10月15日：北海道鉄道歌棄駅（現在の熱郛駅） - 小沢駅間の延伸開業に伴い、同線の駅として開業。一般駅。機関庫設置。
• 1907年（明治40年）7月1日：北海道鉄道の国有化に伴い、国有鉄道に移管。
• 1909年（明治42年）10月12日：国有鉄道線路名称制定に伴い、函館本線の駅となる。
• 1913年（大正2年）6月2日：倶知安機関庫設置（北海道鉄道管理局の事務上制定）。
• 1919年（大正8年）11月15日：京極軽便線の当駅 - 京極駅間が開通。
• 1922年（大正11年）9月2日：京極軽便線が京極線と改称。
• 1930年（昭和5年）5月16日：倶知安機関庫を小樽築港機関庫倶知安分庫とする。
• 1936年（昭和11年）9月：小樽築港機関庫倶知安分庫から小樽築港機関区倶知安支区と改称。
• 1941年（昭和16年）10月：小樽築港機関区倶知安支区から倶知安機関区に昇格。
• 1944年（昭和19年）7月1日：胆振縦貫鉄道の国有化に伴い、京極線が胆振線に編入。
• 1949年（昭和24年）6月1日：日本国有鉄道法施行に伴い、日本国有鉄道（国鉄）に継承。
• 1974年（昭和49年）12月：倶知安機関区廃止。
• 1984年（昭和59年）2月1日：貨物の取扱い廃止。
• 1985年（昭和60年）3月14日：荷物の取扱い廃止。
• 1986年（昭和61年）11月1日：胆振線廃止。同時に2面3線のホームのうち1番のりばを撤去し、1面2線となる。また、特急「北海」・急行「ニセコ」の廃止に伴い、優等列車の停車がなくなる。
• 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化に伴い、北海道旅客鉄道（JR北海道）の駅となる。
• 2007年（平成19年）10月1日：駅ナンバリングを実施。
• 2010年（平成22年）3月：駅舎内の立ち食いそば屋が閉店。
• 2015年（平成27年）：駅舎内のキヨスクが閉店。
• 2021年（令和3年）10月31日：新ホーム供用開始。