歴史

• 1902年（明治35年）10月21日：開業。
• 1907年（明治40年）12月1日：土崎電信取扱所を開設。公衆電報の取り扱いを開始。
• 1926年（大正15年）10月13日：現駅舎に改築。
• 1967年（昭和42年）4月14日：跨線歩道橋が完成し、開通式を挙行（いわゆる東西自由通路）。
• 1969年（昭和44年）8月26日：お召し列車が土崎駅発、男鹿駅着で運転。昭和天皇、香淳皇后が乗車。
• 1986年（昭和61年）12月20日：オレンジカード対応券売機を設置。
• 1987年（昭和62年）
  • 4月1日：国鉄分割民営化により、JR東日本、JR貨物の駅となる。
  • 11月17日：みどりの窓口を開設。
• 1991年（平成3年）3月25日：土崎駅東西歩道橋「港ウィロード」が開通。これ以前は、首都圏などでよく見られる屋外型跨線歩道橋があった。
• 1992年（平成4年）2月：駅舎を一部改装し、駅舎正面にステンドグラスを設置。
• 1999年（平成11年）：秋田新幹線「こまち」利用客向けのパークアンドライド用駐車場「こまち駐車場」が開設される。
• 2006年（平成18年）3月30日：みどりの窓口を廃止。自動改札機、「もしもし券売機Kaeruくん」が稼働開始。
• 2009年（平成21年）12月：駅前広場の整備工事が終了。
• 2010年（平成22年）4月1日：追分駅ならびに八郎潟駅が管理していた奥羽本線大久保駅 - 鹿渡駅間および男鹿線出戸浜駅 - 天王駅間各駅が当駅管理に変更となる。
• 2011年（平成23年）4月：駅跨線橋の架け替え工事が完成し、新跨線橋を供用開始。
• 2012年（平成24年）
  • 2月2日：「もしもし券売機Kaeruくん」の営業を終了。
  • 12月10日：駅舎のリニューアル工事が完成。
• 2015年（平成27年）10月1日：八郎潟駅および追分駅も当駅管理となる。また、鯉川駅および鹿渡駅の管理権限を東能代駅に委譲。
• 2016年（平成28年）3月26日：すべての快速列車の停車駅となる。
• 2018年（平成30年）
  • 3月19日：駅舎の耐震補強工事が完成。
  • 3月25日：午前5時50分ごろ、駅構内にある飲食店「港ばやし（立ち食い蕎麦屋）」より、火災。駅の屋根などの一部を焼く。そば店はのちに再建。
  • 5月12日：男鹿駅の業務委託化に伴い、男鹿線全駅の管理駅となる。
• 2022年（令和4年）
  • 1月18日：秋田臨港警察署員、県警鉄道警察隊、警備部機動隊約15人とJR秋田支社社員約50人にて、実際の車両を使って不審者対応や爆発物処理の訓練を実施。
  • 3月12日：秋田駅と統合した秋田営業統括センターが発足し、その傘下となる。
• 2023年（令和5年）5月27日：ICカード「Suica」の利用が可能となる。
• 2024年（令和6年）10月1日：えきねっとQチケのサービスを開始。

駅構造

のりば