駅名標	改札口

駅構造

のりば

番線	路線	方向	経由	行先	備考
1	■東海道線	下り	垂井線経由	米原・京都方面
2		上り		大垣・名古屋方面	当駅始発専用
3		下り	本線経由	（特急・貨物列車の通過のみ）
4		上り		大垣・名古屋方面

各のりばに関して

• 1番線 - 下り停車列車はすべて垂井駅（垂井線）を経由するため、このホームを使用する。
• 2番線 - 当駅始発及び当駅止まりの列車が使用するが、配線上は上り本線に進入できないため、垂井駅まで垂井線を走行する。そのため、当駅から垂井駅までは単線並列のような状態（※複線区間を逆走するように見えるため）となる。
• 3番線 - 新垂井線からの貨物列車および特急列車が通過するのみである。かつては新垂井駅経由の普通列車が停車していた。しかし、1986年11月改正時に同駅が廃止された後は定期列車の客扱いが行われていない。ただし、臨時列車では新垂井線を経由していた国鉄時代の『近江路』（名古屋鉄道管理局の165系が名古屋駅から京都駅まで直通）、国鉄民営化後の『ナイスホリデー近江路』（JR東海の311系または117系が長浜駅まで直通）や『伊吹ホリデー221』（JR西日本の221系が新快速の延長運転扱いで大垣駅または岐阜駅まで直通）などの臨時快速の下り列車が客扱いを行っていた。
• 4番線 - 上り列車の全列車が垂井駅（東海道本線）を経由するため、このホームを使用する。

ダイヤ

• 米原 - 大垣を運行する普通が、上下線とも1時間あたり2本停車する。

• 米原始発の新快速と当駅始発の新快速・区間快速が運行される。なお、土曜・休日は米原発着の特別快速と米原行きの区間快速も運行される。

• 米原発着の特別快速・新快速・快速が運行される。なお、晩は米原行きの区間快速も運行されるほか、当駅止まりの特別快速と区間快速がそれぞれ1本ずつ運行される。

歴史

• 1883年（明治16年）5月1日：官設鉄道の長浜駅 - 関ケ原駅間開業時に設置。一般駅当時は、春照駅経由で長浜駅と連絡していた。
• 1889年（明治22年）7月1日：分岐点（後の深谷駅） - 長岡駅（近江長岡駅） - 米原駅 - 馬場駅（現在の膳所駅）間の延長線が開業。分岐点 - 長浜駅間休止。
• 1891年（明治24年）1月12日：長岡駅・長浜駅への分岐点に深谷駅（貨物駅）が開業。深谷駅 - 長浜駅間が貨物線として運行再開。
• 1895年（明治28年）4月1日：路名称制定。東海道線（1909年に東海道本線に改称）の所属となる。
• 1899年（明治32年）
• 10月15日：関ケ原駅 - （柏原駅） - 長岡駅間の勾配緩和新線（現在線）が開業。
• 12月28日：関ケ原駅 - 深谷駅 - 長岡駅および深谷駅 - 長浜駅間が廃線。
• 1944年（昭和19年）10月11日：新垂井駅経由の勾配緩和別線（下り専用）が開業。南荒尾信号場 - 垂井駅 - 関ケ原駅間の下り線が撤去される。
• 1946年（昭和21年）11月1日：下り本線復活。
• 1973年（昭和48年）10月1日：貨物の取り扱いを廃止。
• 1984年（昭和59年）2月1日：荷物の取り扱いを廃止。
• 1986年（昭和61年）11月1日：新垂井線にあった新垂井駅が廃止。全普通列車が垂井駅経由での運転となる。
• 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化により東海旅客鉄道（JR東海）が承継。
• 1991年（平成3年）10月6日：第1回さわやかウォーキングが当駅で開催される。（コース名:関ケ原古戦場めぐり）
• 日付不明:名古屋発当駅止まりの最終列車の運転と夜間留置を開始。
• 2006年（平成18年）11月25日：名古屋駅方面においてICカード「TOICA」の利用が可能となる。
• 2016年（平成28年）3月26日：ダイヤ改正に伴い、「ホームライナー関ヶ原」が運転区間を大垣までに短縮し、当駅までのホームライナーが消滅。
• 2019年（平成31年）3月2日：当駅以西（醒ケ井駅方面）においてICカード「TOICA」の利用が可能となる。
• 2024年（令和6年）
  • 1月31日：JR全線きっぷうりばの営業を終了。
  • 2月1日：サポートつき指定席券売機が稼働開始し、お客様サポートサービス導入に伴い無人化。