YR-880形	E3系「つばさ」

• 単式ホーム・島式ホーム混合3面5線のうち、東口から数え二つ目のホーム（島式）の駅舎寄り片方の線路が剥がされて出来た3面4線の地上駅である。
• 東口に近い1番線から3番線をJR東日本が使用し、4番線を山形鉄道が使用している。山形鉄道フラワー長井線がJR長井線であったころは奥羽本線と線路が接続されていたが、後に奥羽本線が山形新幹線運転に伴い標準軌へ改軌されたことなどから、現在は奥羽本線とフラワー長井線の線路は当駅構内では接続していない。
• 駅舎は東西に設置されており、東口をJR東日本、西口を山形鉄道が管理している。

• 山形新幹線開業に合わせて建設された駅舎は、通商産業省グッドデザイン賞などを受賞している。鈴木エドワードによる設計で、パラグライダーを模した意匠となっている。鉄骨平屋建てで建物外の柱でアーチ形状の屋根を支えており、建物内部には柱が全く無い構造となっている。
• 米沢駅が管理し、JR東日本東北総合サービスが受託する業務委託駅。直営駅時代は管理駅で、中川駅を管理下に置いていた。
• 駅舎にはみどりの窓口、JR自動券売機、指定席券売機、新幹線eチケットサービス用簡易Suica改札機、山形鉄道自動券売機、待合所、キオスクがある。また、ホームにはエレベーターが設置されている（1番線・2番線のみ）。駅レンタカー設置駅。かつては国内旅行を取り扱う「びゅう旅センター」が窓口内に設置されていた。

• ログハウス風の小柄な駅舎を有する。社員配置駅。山形鉄道出札窓口、JR乗車証明書発行機、待合室を設置。南陽市観光協会が入居している。
• 窓口営業時間内に限りJR列車到着時に改札を行う。山形鉄道の列車は到着時に車内精算となり、JR線へ乗り継ぐ場合は運転士から精算証明書を受取り、乗継列車の車内または下車駅にて精算する。

• 1番線（山形新幹線、奥羽本線）は単式ホーム1面1線。
• 2番線（山形新幹線、奥羽本線）は島式ホームだが、1番線寄りの線路が撤去された1面1線。
• 3・4番線（奥羽本線、フラワー長井線）は島式ホーム1面2線。

番線	路線	方向	行先	備考
1	■山形新幹線 ■山形線	上り	米沢・福島・東京方面
2		下り	山形・新庄方面
3	■山形線	上り	米沢方面	一部の普通列車のみ
4	■フラワー長井線		宮内・今泉・長井・荒砥方面

• 1900年（明治33年）4月21日：官設鉄道（後に日本国有鉄道）奥羽南線が米沢駅から延伸した際の終着駅として開業。
• 1901年（明治34年）2月15日：奥羽南線が上ノ山駅（現・かみのやま温泉駅）まで延伸され、途中駅となる。
• 1905年（明治38年）2月16日：電報取扱開始。
• 1909年（明治42年）10月12日：線路名称制定に伴い、奥羽本線の駅となる。
• 1913年（大正2年）10月26日：長井軽便線が開通し、当駅に接続。
• 1922年（大正11年）9月2日：長井軽便線が長井線へ改称され、同線および奥羽本線の駅となる。
• 1919年（大正8年）4月25日：赤湯人車軌道が開業。
• 1926年（大正15年）5月29日：赤湯人車軌道運行中止。
• 1959年（昭和34年）3月：駅舎改築。
• 1974年（昭和49年）5月31日：みどりの窓口の営業を開始。
• 1980年（昭和55年）9月20日：貨物の取り扱いを廃止。
• 1984年（昭和59年）2月1日：荷物扱い廃止。
• 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化に伴い、JR東日本の駅となる。
• 1988年（昭和63年）10月25日：長井線が山形鉄道へ転換、フラワー長井線となる。同時に西口駅舎の使用開始。
• 1992年（平成4年）7月1日：山形新幹線福島 - 山形間が開業し、新幹線停車駅となる。
• 1993年（平成5年）7月14日：現在の東口駅舎が竣工。
• 1994年（平成6年）：東口駅舎が鉄道建築協会賞第22回業績部門奨励賞を受賞。
• 1995年（平成7年）：東口駅舎が通商産業省グッドデザイン賞を受賞。
• 1998年（平成10年）：東口駅舎が第6回公共建築賞優秀賞を受賞。
• 2018年（平成30年）7月1日：JR東日本赤湯駅長が廃止。米沢駅長管理下の業務委託駅となる。
• 2020年（令和2年）3月14日：新幹線eチケットサービス開始。
• 2021年（令和3年）3月13日：タッチでGo!新幹線のサービスを開始。