• JR東海： 東海道新幹線
• JR東日本：横浜線 - 駅番号「JH 16」
• 横浜市交通局：横浜市営地下鉄ブルーライン - 駅番号「B25」
• 相模鉄道：相鉄新横浜線（終点） - 駅番号「SO52」
• 東急電鉄：東急新横浜線（起点） - 駅番号「SH01」

• 1987年の国鉄分割民営化以降、駅舎はJR東海の所有・管理だが、業務については1990年代より横浜線ホームと篠原口出改札業務・券売機がJR東日本の担当に移行した。JR全線きっぷうりばはJR東海が営業する窓口のみとなっている。
• 東海道新幹線は島式ホーム2面4線を有する高架駅。現在は全ての営業列車が停車するが、主本線である2・3番線は2008年3月まで200 km/h以上で通過する列車があったため、ホームには熱海駅と同形式で開閉時にメロディが流れるハーフハイト式ホームドア（可動式安全柵）が設置されている（1985年設置）。
• その後、ホームドアの老朽化とホーム幅の拡大を理由・目的に2番線（上り）および3番線（下り）のホームドアの取替が行われ、2番線（上り）は2010年3月に、3番線（下り）は同年7月に取替完了した。なお、1番線（上り）と4番線（下り）は通過列車がないため転落防止柵のみ設置されていたが、その後この2線にもホームドアが設置され、2017年3月から4番線で、2018年3月から1番線でそれぞれ稼働している。
• 新幹線ホームは、一部相互発着という手法で列車を入線・出発させている。また、朝6時台には当駅始発で広島行きの「ひかり533号」が、 また臨時列車として、新大阪行きの「のぞみ491号」が、それぞれ設定されている。2008年3月ダイヤ改正以前は新大阪駅発着の一部の「のぞみ」と「ひかり」が通過していた。
• かつては、主本線の2・3番線を「のぞみ」（500系による列車を除く）と「ひかり」が、待避線（副本線）の1・4番線を「こだま」が使用することを基本としていた。現在は1・4番線を基本的に「のぞみ」が使用し「ひかり」と「こだま」は一部列車を除き2・3番線を使用する。
• 新幹線通勤の利用に対応するため、平日の9時までに当駅を発車する上り列車に限り、新幹線定期券や自由席特急券で普通車指定席の空席に座ることができる特例措置を採っている。
• 横浜線は島式ホーム1面2線を有する地上駅で、橋上駅舎を有している。すべての営業列車が停車する。

• 新幹線改札口・新幹線東乗換口・新幹線西乗換口・北口在来線改札は2階（新幹線高架下）の位置にある。
• 篠原口改札（在来線）は新幹線ホームとほぼ同じぐらいの高さにあり、2階からは階段かエスカレーターを上る形となる。2008年にエレベーターが設置された。
• 北口はJR東海が管理しており、JR東海のエクスプレス予約に対応している。
• 当駅ではSuica導入当初、自動改札機での使用もできず、対応した機器に改造されるまで数日を要した。近距離きっぷ自動券売機も、2008年3月にJR東日本仕様の物に更新されるまでSuicaに対応していなかったが、現在はTOICA、Suicaなど全国共通利用ICカードとも対応している。なお当該券売機は同駅から100キロメートル以内の区間の在来線の駅ほか一部の駅、連絡会社線の駅までの乗車券を購入できるが、2008年3月まではJR東日本と同一の機種を配備するも、その機器にJR東海のデザインシステムが施されていた。そのため、券面に「東日本会社線」等と表示しつつも、JR東海の券紙（地紋の会社名部分が「C」）で発券するという独自の仕様だった。
• 北口のJR全線きっぷうりばはJR東海管理のため「えきねっと」の受け取り（2022年春より一部の割引きっぷを除き取り扱いを開始）や「休日おでかけパス」「週末パス」といったJR東日本の特別企画乗車券などの購入はできない。これらは篠原口の指定席券売機での取り扱いとなる[13]。なお、特急「ふじさん」の小田急電鉄線経由JR東海各線の連絡乗車券・特急券は発売している。
• 篠原口はJR東日本横浜支社・小机駅が管理する。1990年代半ばまではここもJR東海が管理（JR東日本から見ると委託）し、JR東日本の社員は配置されていなかった。そのため、イオカード導入当初は自動改札機も自動券売機も使用できなかった。
• JR東日本新横浜駅の駅事務室は新横浜駅本屋のなかに組み込まれておらず、篠原口のすぐ前にプレハブ作りの小さな事務室が別に建てられている。
• 新幹線東のりかえ口のJR全線きっぷうりばは在来線の改札内にある。なお、西のりかえ口にはサポートつき指定席券売機が設置されている。
• 在来線の改札内にあった篠原口の「みどりの窓口」は2007年3月に営業を終了し、JR東日本の指定席券売機が改札内に2箇所と改札外に1箇所設置されている。なお、この指定席券売機はJR東日本が管理しているため「えきねっと」の受け取りはできるが、JR東海の「エクスプレス予約」とJR西日本の「e5489」についてはJR東海の「JR全線きっぷうりば」や券売機・受取機での受け取りとなる。
• 新幹線各ホームのエレベーターは、以前は業務用のエレベーターのみが設置され係員の付き添いがないと利用できなかったが、現在はホームの中央の業務用のエレベーターの背後に新しく客用エレベーターが設置されたため、係員の付き添いがなくても利用できる。
• 2017年11 - 12月、改札内に物販4店が開業した。新幹線側が「ギフトキヨスク」、横浜線側が「ベルマートキヨスク」「ランキンランキン（東急レクリエーション）」「新横浜ラーメン博物館ギフトショップ」。運営は、駅ビル（新横浜中央ビル、キュービックプラザ新横浜）も管理するJR東海グループの新横浜ステーション開発が担っている。

• 島式ホーム1面2線を有する地下駅。ホームは地下2階にある。副名称は「日産スタジアム下車駅」。
• 新羽方面にY字型引き上げ線があり、早朝に当駅発着の列車もある。2007年4月21日にホームドアの使用を開始した。
• ホームとコンコース階を結ぶエレベーターが2基設置されている。このうち、中央改札口に接続する横浜寄りの1基は、改札供用まではお客様サービスセンター（駅事務室併設）に直結し、入出場時には係員による改札が実施されていた。
• 駅長・副駅長所在駅。新横浜管区駅として新羽 - 片倉町間を管理している[16]。

• 1993年3月18日の当駅 - あざみ野駅間の延伸開業までは、1番線は乗車専用、2番線は降車専用となり、電留線を引き上げ線として使用していた。
• 2014年7月10日より、発車メロディが横浜F・マリノスの応援歌「We are F・Marinos」に変更された。

• 北口を通る環状2号の地下に横浜市営地下鉄と交差するように設けられている。相模鉄道と東急電鉄の共同使用駅であり、管理については南改札は相鉄、運行管理と北改札は東急が担当し、それぞれコンコースのデザインも異なる（南改札はレンガやダークグレーを配色、北改札は白色基調）。従って両社の駅長が別々に配属しており、日本では他では関西空港駅などに事例があるものの、現時点では少数である「1つの施設内における鉄道駅の全体を複数の事業者で共同管理し、またそれぞれの事業者に駅長が所在する」状況（すなわち東急と相鉄が両方駅長を置いている）となっている。
• 相鉄最北端の駅であり、同社の駅で唯一港北区に立地している。改札階と各ホームを結ぶエレベーターは南改札側にのみ設置されている。南改札内の待合室は相鉄・東急・JR東海が内装材を提供した（相鉄はレンガ、東急は旗の台駅・池上駅の改修工事で発生した廃木材、JR東海は引退した東海道新幹線の車両からリサイクルしたアルミ部材をそれぞれ提供]）。
• 島式ホーム2面3線を有し、中線もしくは西谷方の片渡り線・日吉方の両渡り線を使用しての折り返し運転に対応している。開業時よりホームドア（可動式ホーム柵）が設置されている。
• 当駅の建設にあたり、横浜市営地下鉄の5番・6番出入口が工事に支障をきたすため、2014年（平成26年）8月・12月に閉鎖・撤去された。

歴史

• 1964年（昭和39年）10月1日：東海道新幹線開業に伴い横浜線との交点に開業。
• 1967年（昭和42年）10月22日：横浜線の菊名駅 - 当駅間複線化。
• 1968年（昭和43年）2月4日：横浜線の当駅 - 小机駅間複線化。
• 1970年（昭和45年）：新幹線のホームが16両対応に延伸される。
• 1973年（昭和48年）11月1日：新幹線の下りホームにエスカレーターが2基設置され、供用開始。
• 1976年（昭和51年）7月1日：「ひかり」停車駅となる。
• 1985年（昭和60年）3月14日：横浜市営地下鉄3号線が横浜駅から延伸開業。市営地下鉄の終着駅となる。
• 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化により、新幹線はJR東海、横浜線はJR東日本の駅となる。
• 1988年（昭和63年）3月13日：横浜線に快速が設定され、その停車駅となる。
• 1992年（平成4年）3月14日：新幹線に「のぞみ」が新設され、停車駅となる。
• 1993年（平成5年）3月18日：横浜市営地下鉄3号線があざみ野駅まで延伸開業。
• 1998年（平成10年）10月3日：改装工事が完了。横浜線の北口改札階が1階の新幹線の隣からみどりの窓口の上に移転する。同時に新幹線・横浜線改札口に自動改札機を導入し、イオカードが使用できるようになる。
• 2000年（平成12年）：関東の駅百選に選定される。
• 2001年（平成13年）11月18日：JR東日本でICカード「Suica」の利用が可能となる。
• 2002年（平成14年）6月：2002 FIFAワールドカップに合わせ、新横浜始発東京行き「こだま」の設定、深夜帯におよぶ列車の増発などを実施。
• 2007年（平成19年）3月18日：横浜市営地下鉄でICカード「PASMO」の利用が可能となる。
• 2008年（平成20年）3月15日：すべての「のぞみ」・「ひかり」が停車するようになり、東海道新幹線の全営業列車が停車することとなった。同時に、当駅始発の広島行き「ひかり」設定。
• 2014年（平成26年）7月10日：横浜市営地下鉄の発車メロディが横浜F・マリノスの応援歌「We are F・Marinos」に変更。
• 2015年（平成27年）7月18日：横浜市営地下鉄に快速が設定され、停車駅となる。
• 2018年（平成30年）3月1日：東海道新幹線の全ての乗り場にホームドアが設置され、供用開始。
• 2021年（令和3年）11月3日：横浜線で従来型ホームドアの使用を開始。
• 2023年（令和5年）
  • 3月11日：横浜市営地下鉄の駅に中央改札口を新設。
  • 3月18日：相鉄新横浜線・東急新横浜線の駅が開業。